อาการไม่พึงประสงค์จากเฮปารินโซเดียม

1. เลือดออกเป็นเรื่องปกติและอาจเกิดขึ้นได้ทุกที่
2. หนาวสั่น มีไข้ ลมพิษ และอาการแพ้อื่นๆ เป็นเรื่องปกติ
3. การใช้ยาเป็นเวลานานอาจทำให้ผมร่วง ผมร่วงในระยะสั้น โรคกระดูกพรุน และกระดูกหักได้เอง
4. อาจพบการระคายเคืองเฉพาะที่, เกิดผื่นแดง, ปวดศีรษะเล็กน้อย, เลือดคั่ง, แผลในกระเพาะอาหาร ฯลฯ บริเวณที่ฉีด จะรุนแรงมากขึ้นหลังการฉีดเข้ากล้าม ดังนั้น การฉีดเข้ากล้ามจึงไม่เหมาะ
5. ยังคงพบภาวะเกล็ดเลือดต่ำชั่วคราว ภาวะเกล็ดเลือดต่ำที่เกิดจากเฮปาริน (HIT) เกิดจากการรวมตัวของแอนติบอดีคอมเพล็กซ์เฮปารินเกล็ดเลือดปัจจัย 4 กับตัวรับเกล็ดเลือดปัจจัย 4 สามารถกระตุ้นการรวมตัวของเกล็ดเลือดและทำให้เกิดหลอดเลือดอุดตันได้ แม้ว่าจะหายาก แต่ก็อาจถึงแก่ชีวิตได้ หากเกิด HIT ควรหยุดเฮปารินทันที